હિંદૂ ધર્મમાં એક જ ગોત્રના યુવક અને યુવતીના લગ્નની મનાઈ કરવામાં આવે છે. તેનું કારણ એ છે કે એક જ ગોત્રના યુવક યુવતી પરસ્પર ભાઈ બહેન ગણાય છે એટલા માટે તે પતિ પત્ની બની ન શકે. એક ગોત્રમાં લગ્ન ન કરવા પાછળ એક કારણ એ પણ છે કે જો એક જ ગોત્ર લગ્ન થાય તો તે દંપતિનું આવનાર બાળક માનસિક કે શારીરિક રીતે વિકૃત હોય શકે છે.
સનાતન ધર્મમાં ગોત્રનું ખૂબ જ મહત્વ છે. પૂજા પાઠ અને લગ્નમાં ગોત્રને વિશેષ મહત્વ આપવામાં આવે છે. જો વૈદિક રીત અનુસાર લગ્ન કરવામાં આવે તો સૌથી પહેલા વર અને કન્યાના ગોત્ર વિશે જાણવામાં આવે છે. ગોત્રની જાણકારી વિના વિવાહ કરવાની મનાઈ કરવામાં આવે છે. 
એક ગોત્રમાં લગ્નની માન્યતા પર વૈજ્ઞાનિક મતની વાત કરીએ તો એક ગોત્રમાં લગ્ન કરવાથી આનુવાંશિક દોષ પેઢી દર પેઢી આગળ વધે છે. અલગ અલગ ગોત્રમાં લગ્ન કરવામાં આવે તો આનુવાંશિક દોષ, બીમારી બીજી પેઢીમાં આવતા નથી. આ સ્થિતીથી બચવા માટે સલાહ આપવામાં આવે છે કે ત્રણ ગોત્ર છોડીને જ લગ્ન કરવા જોઈએ.
