૨૬ નવેમ્બર ૨૦૦૫ના રોજ ગેંગસ્ટર અને આતંકવાદ સાથેના સંબંધોને લઈ સોહરાબુદીન ફેક એન્કાઉન્ટર કેસ ફરી ચર્ચામાં
૨૦૦૫માં રાજકીય અને નાણાકીય લાભને કારણે સોહરાબુદ્દીન શેખનું ફેક એન્કાઉન્ટરમાં મોત થયું હતું ત્યારે ચિફ ઈન્વેસ્ટીગેશન ઓફિસરે આ અંગે સ્પેશ્યલ કોર્ટની માંગ કરી હતી. સીઆઈઓ અમિતાભ ઠાકુરે કહ્યું હતું કે, સોહરાબુદ્દીન શેખના એન્કાઉન્ટરનો રાજકીય લાભ કોણ લઈ રહ્યું છે આ અંગે કોઈ પુરાવા મળ્યા નથી.
સોહરાબુદ્દીન શેખને ગેંગસ્ટર તેમજ આતંકવાદીઓ સાથેના સંબંધો હતા માટે ૨૬ નવેમ્બર ૨૦૦૫ના રોજ ગુજરાત પોલીસની કસ્ટડી હેઠળ તેને ફેક એન્કાઉન્ટરમાં મારી નાખવામાં આવ્યો હતો. તેના થોડા જ દિવસો બાદ તેની પત્ની કૌશર બી. ને પણ આ જ પ્રકારે મોતને ઘાટ ઉતારવામાં આવી હતી.
૨૦૧૬ ડિસેમ્બરના રોજ ગુજરાત અને રાજસ્થાન પોલીસ દ્વારા શેખ ઉપરાંત તુલસી પ્રજાપતિનું પણ એન્કાઉન્ટર કરવામાં આવ્યું હતું. પરંતુ ફાઈલ કરાયેલી ચાર્જશીટમાં સ્પષ્ટ ઉલ્લેખ કરાયો હતો કે, સોહરાબુદ્દીનના એન્કાઉન્ટર પાછળ કોઈનો રાજકીય તેમજ નાણાકીય લાભ છે. પરંતુ આ અંગે કેસના સીઆઈઓ ઠાકુરે સ્પેશ્યલ કોર્ટમાં જસ્ટીસ સી.જી.શર્માને કહ્યું હતું કે, નાણાકીય લાભનો ખ્યાલ નથી પરંતુ રાજકીય લાભ કોણ ઉઠાવી રહ્યું છે તે અંગે કોઈ મહત્વના પુરાવા મળ્યા નથી.
ઠાકુરે ઉમેર્યું હતું કે, આરોપી જયારે ટ્રાયલ કોર્ટમાં હતો ત્યારે આ કેસ અંગે કોઈને નાણાકીય લાભ થયો હોય તેવી શકયતાઓ હોય તો પણ કોર્ટ માત્ર ગવાહોને માન્યતા આપે છે. માટે યોગ્ય પુરાવા વીના આરોપ લગાવવો વ્યર્થ છે. ગેરકાયદેસર હત્યામાં સેન્ટ્રલ બ્યુરો ઈન્વેસ્ટીગેશન દ્વારા ૩૮ લોકો વિરુધ્ધ ગુનો દાખલ કરવામાં આવ્યો હતો જેમાં સીનીયર આઈપીએસ ઓફિસર ડી.જી.વણઝારા, રાજકુમાર પંડીયન અને દિનેશ એમ.એન. ત્યારબાદ અમિત શાહને કોર્ટ દ્વારા ડિસ્ચાર્જ કરવામાં આવ્યા હતા.